巴县知县衙门驻地曾位于此地，社区因此而得名。
2022年1月，被命名为2021年重庆市绿色社区。
巴县衙门社区是渝中区朝天门街道下辖的社区，城乡分类代码为111，为主城区。区划代码为500103010012，居民身份证号码前6位为500103。邮政编码为400000，车牌号码为渝。巴县衙门社区与湖广会馆社区、二府衙社区、白象街社区、棉花街社区、朝千路社区、陕西路社区相邻。巴县衙门社区联系电话：023-63916245
历史沿革：1954年设街道办事处，以分段的形式来命名居民委员会。
1996年以地名冠居民委员会名称。
1998年第一次社区规模调整时更名为社区居民委员会。
2007年第三次社区规模调整时，将原西三街社区和文化街社区部分区域合并后成立望龙门街道巴县衙门社区居民委员会。
2015年区划调整时，划入朝天门街道，更名为朝天门街道巴县衙门社区居民委员会至今。
