因该村福建五都人到青澳农耕创村，为弘扬祖德取名六都，村委会驻地位于六都村，故名。

2026年3月，被认定为广东省第三批“百千万工程”典型村镇。

六都村是南澳县深澳镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为440523102207，居民身份证号码前6位为440523。邮政编码为515000，车牌号码为粤D。六都村与后窑村、山岗村、九溪澳村、后兰村、走马埔村、吴平寨村、榴城社区、后花园村、圆山村、松岭村、三澳村、金山村、海滨村相邻。六都村联系电话：0754-86997467

历史沿革：以前青澳归福建省诏安县管辖。

1914年10月广东省南澳县深澳区，称村，1952年6月属澄海南澳特区青澳乡。

1953年5月改称南澳县深澳乡青澳村。

1986年属深澳镇青澳村民委员会，称村。

1991年3月与山岗、后窑合并为青澳管理区，称村。

1993年6月青澳设旅游度假区后成立六都管理区。

1998年更名为六都村民委员会，并沿用至今。