清朝初期，当地建有一座寺庙为“祖寺庙”，故名。

祖寺村全村384户，总人口1216人，劳动力606人，其中党员29人，流动党员3人，耕地面积1390亩。党员群众服务中心2008年改建成，资金投入5万元，建筑面积120平方米，广场面积350平方米，功能室4间，坚持值班制度，开展代办服务，充分发挥“十个功能中心”作用。祖寺村与庙岗村、大安寺村、彭桥村、许福村、王畈村、罗庙村、柳林村、柏桥村、吉中村、魏桥村、九安村、长安村、碧山村、陡坡村相邻。历史沿革：民国时期属六合乡、楼碧乡辖。

1952年10月属第四区组寺乡辖。

1954年8月后祖寺并入柏桥，属雷公区柏桥乡辖。

1956年3月属雷公区六合乡辖。

1956年4月属第五指导小组六合乡辖。

1958年9月属英雄人民公社六合管理区辖。

1961年4月，组寺大队属雷公区六合人民公社辖。

1975年2月属雷公人民公社六合管理区辖。

1984年1月雷公区六合乡辖。

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