明洪武年间，刘顺来此居住，后开旅店，取庄名刘顺店。因附近有流水寺，渐演今名。
流水店村是遂平县花庄镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411728109209，居民身份证号码前6位为411728。邮政编码为463000，长途电话区号为396 ，车牌号码为豫Q。流水店村与高卫楼村、赵庄村、小营村、下阳村、五车牛村、魏楼村、长寺村、古泉山村、邓庄村、陈庄村、花庄村相邻。历史沿革：明、清属遂平县。
1936年属三区（区署驻诸市镇）。
1959年9月设立流水店生产大队，队部驻流水店，属文城人民公社。
1983年12月改为流水店村民委员会，属张台乡。
2013年7月花庄乡撤乡建镇，属花庄镇。
