明末，马姓从山头铺马庄迁此定居，名大马庄，后与村前的万庄发展为一体，1950年更名为万马庄。
2023年9月，万马村被确定为河南省第一批乡村建设示范村。
2022年8月，入选2022—2024届期驻马店市文明村镇名单。
万马村是正阳县新阮店乡下辖的行政村，城乡分类代码为210，为乡中心区。区划代码为411724203202，居民身份证号码前6位为411724。邮政编码为463000，长途电话区号为396 ，车牌号码为豫Q。万马村与孙竹村、前王楼村、胡老村、徐围孜村、管寨村、王李村、老王村、罗庄村、中心庙村、老阮店村、县农场村相邻。历史沿革：明属柔远里。
1958年属城郊人民公社三营。
1961年建万马生产大队，属王牌寺人民公社。
1983年改设万马村民委员会，属新阮店乡。
