清朝光绪年间，有余姓从西洪洞县迁此定居，成村后得名。
2022年1月，余庄村被命名定为2021年度河南省卫生村。
余庄村是平舆县万金店镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411723109207，居民身份证号码前6位为411723。邮政编码为463000，长途电话区号为396 ，车牌号码为豫Q。余庄村与新周村、余营村、宋刘村、黄庄村、土店村、厂庙村、茨园村、大郭村、王寨村、张坡村、万金店社区相邻。历史沿革：清朝属汝宁府。
1951年汝南县、平舆县分治，属平舆县二区（史寨）王庄乡。
1956年属万金店中心乡余庄小乡。
1958年设立两路口营余庄连连，属万金店人民公社。
1960年设立余庄生产大队，属万金店人民公社。
1984年设立余庄村民委员会，属万金店乡。
