明万历四十三年（1615）《王姓墓碑》记载有南店村之名。相因设有店铺，又位于淇门镇之南，故名。清咸丰年间，因申姓众多，改名申店。
申店村位于镇西南，距镇区7.1公里，南邻新濮公路（S101线），西与卫辉市庞寨乡柳卫村交界，交通便利。申店村下辖4个村民小组，688户，3157口人，耕地4592亩，现有村两委干部5人，党员85人。申店村经济主要以农业为主。近年来，申店村党支部、村委会在上级党委、政府积极支持下，大力调整种植结构，引进经济作物小尖椒，农民收入大幅提高。2011年，村党支部、村委会又积极配合上级党委、政府争取实施了高标准农田建设示范项目，粮食和小尖椒产量大幅提高，增加了农民收入。申店村与栗庄村、南刘庄村、庄头村、田堤村、李海屯村、长屯村、董庄村、张堤村、张庄村、西皮村、后胡岸村、东高宋村、西高宋村、前胡岸村相邻。
历史沿革：1949年属浚县六区。
1958年建申店大队，属新镇公社。
1983年设申店村民委员会，属新镇乡。
