明代，马姓移民到双峰山下东部沟中，占产立庄，故名马沟。
2021年3月，马沟村入选2020年度洛阳市民主法治示范村（社区）。
马沟村是汝阳县小店镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为410326103210，居民身份证号码前6位为410326。邮政编码为471000，长途电话区号为379 ，车牌号码为豫C。马沟村与双丰村、关帝村、秦洼村、虎寨村、紫罗村、赵村村、胡村村、龙泉村、黄屯村、车坊村、圣王台村、杨家渠村、李村村、付庄村相邻。历史沿革：清代，属纸坊里。
1956年，为马沟高级社，属二郎乡。
1961年，为马沟大队，属关帝公社。
1984年，更名马沟村民委员会，属小店乡。
