据传明末，此地经常驻扎骑兵，设有养马店，故名。

2023年9月，马店村被确定为河南省第一批乡村建设示范村。

2021年3月，马店村入选2020年度洛阳市民主法治示范村（社区）。

马店村是嵩县旧县镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为410325102205，居民身份证号码前6位为410325。邮政编码为471000，长途电话区号为379 ，车牌号码为豫C。马店村与龙潭沟村、西店村、寺上村、谢庄村、东村村、白庄村、沟门村、上川村、黄沟村、旧县村、河南村、童子庄村、伊龙社区相邻。历史沿革：清光绪三十二年（1906）属旧县里。

1958年成立马店大队，属大章公社。

1975年属旧县分社，为马店生产大队。

1984年为马店村民委员会，属旧县乡。

1999年5月旧县乡撤乡建镇，属旧县镇，沿用至今。