明初由山西洪洞县迁来回族落户，明末战乱，村毁，一马姓富户迁高井西方沟中建宅。清康熙年间，其姻亲迁来成村，称“马沟”。
马沟村是荥阳市贾峪镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为410182110219，居民身份证号码前6位为410182。邮政编码为450000，长途电话区号为371 ，车牌号码为豫A。马沟村与双楼郭村、祖始村、槐林村、周垌村、楼李村、邢村村、岵山村、洞林寺村、鹿村村、楚村村、郭岗村、龙卧凹村、高河村、北沟村相邻。历史沿革：1948年属荥阳县贾峪区。
1958年5月归贾峪乡，8月属星火人民公社，建马沟大队，以大队部位于马沟得名。
1961年属贾峪区双楼郭公社。
1963年属恢复的贾峪人民公社。
1983年属贾峪乡，设立马沟村民委员会。
