因明万历年间（1573-1620），吴姓迁此田畈上生产瓷器，并开设几家小店，推销瓷器，故名。后有方、肖二姓迁入，形成片村。
2022年11月，小店村被授予第三批江西省森林乡村称号。
小店村是弋阳县港口镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为361126108203，居民身份证号码前6位为361126。邮政编码为334000，长途电话区号为793 ，车牌号码为赣E。小店村与錾山村、东源村、上坑村、上坊村、仙台村、港口村、园竹村相邻。历史沿革：1950年属港口乡。
1958年属港口公社，为小店大队。
1982年属南港口公社，为小店大队。
1984年政社分开，属南港口乡，为小店村民委员会。
1992年撤乡设港口镇，属港口镇，为小店村民委员会。
