因位于萌源西北处靠山一侧，故称“萌底”。

萌底位于镇区东北4公里，海拔908米，主村萌底先由游、陈两姓拓居，明嘉靖年间（1545年左右），魏椿九从礼门黄家山迁柿洋（今仕洋）数载，复迁萌底定居。毗邻的自然村岔头，以萧、郑两姓为主，分别从萌源、端源迁入定居。萌底村原隶宁德县。民国24年（1935年）6月，隶周墩特种区周墩联保。民国29年1月，隶周墩镇。民国34年8月，隶周宁县狮城镇萌源保。1950年4月，隶第一区萌源乡。1956~1958年4月，隶端源乡。1959年1月，隶端源公社萌底大队。1963年3月，隶浦源区萌源乡。1966年8月，从萌源乡析出，成立萌底大队。1984年8月，隶浦源乡设萌底村民委员会。1995年，共241户、+查看详细萌底村概况>>

2021年11月，福建省爱卫办命名萌底村为2021年福建省卫生村。

民国24年（1935年）6月，隶周墩特种区周墩联保。

民国34年8月，隶周宁县狮城镇萌源保。

1950年4月，隶第一区萌源乡。

1956-1958年4月，隶端源乡。

1959年1月，隶端源公社萌底大队。

1963年3月，隶浦源区萌源乡。

1966年8月，从萌源乡析出，成立萌底大队。

1984年8月，隶浦源乡设萌底村民委员会。