昔九牧镇中部，有5个山墩，对峙一庙，称为“五龙抢珠”。将周围村庄取名五墩，谐音为吴墩，村委会驻在此地，故名。

吴墩村位于205国道旁九牧镇“一线两翼”的“一线”工贸区，有11个村民小组、425户、1786人、村“两委”干部6人，全村党员48名。全村村域总面积3.1万亩，耕地面积2927亩，林地面积28000亩，其中竹山面积7141亩，人均4.13亩、茶山面积300亩。辖区内现有省级重点龙头企业1家，私营企业毛竹加工厂、环保机砖厂、养猪场等15家，林场1个，以省级龙头企业浦城仙楼竹制工艺品有限公司为依托初步形成了“龙头带动建基地、保增收、促发展”的特色经济“村企联建”发展路子，2012年全村社会总产值915万元，农民人均纯收入8352元。 吴墩村抓住中心村建设机遇，以“五要”工程为载体、+查看详细吴墩村概况>>

2025年3月，被命名为第七届全国文明村镇。

2021年11月，福建省爱卫办命名吴墩村为2021年福建省卫生村。

2021年2月，福建省2018-2020年度省级文明村镇社区名单出炉，吴墩村上榜。

2020年11月，上榜2020年度南平市“绿盈乡村”中级版村庄名单。

九牧上山板桥战斗遗址九牧上山板桥战斗遗址位于浦城县九牧镇吴墩村中学后门，年代为近现代。九牧上山板桥战斗遗址为县级文物保护单位。历史沿革：1952年属九牧区九牧乡，1957年属九牧区为吴墩乡，1958年属九牧公社为吴墩大队，1984年属九牧乡吴墩村村民委员会。

1998年6月属九牧镇吴墩村村民委员会。