早先居民掘井，水多自石隙涌出。故以石井为村名至今。南宋时俞氏一支自永东里里美村（今海口镇里美片村）迁玉随之，陈、王、吴等诸氏先后迁居，有玉井境。

2021年11月，福建省爱卫办命名石井村为2021年福建省卫生村。

石井村是福清市玉屏街道下辖的行政村，城乡分类代码为112，为城乡结合区。区划代码为350181002201，居民身份证号码前6位为350181。邮政编码为350300，长途电话区号为591 ，车牌号码为闽A。石井村与凤翔社区、玫瑰园社区、步行街社区、西文社区、玉屏社区、融北社区、西云社区、幸福社区、向高社区、柳池社区、金墩社区、西大社区、小北社区、锦云社区相邻。历史沿革：宋属太平乡永东里，元沿之。

清宣统二年（1910年）属永东乡，1943年内设8个甲，跨属融城镇利桥乡，东刘后山北两个保。

1950年属第一区石井乡，1956年属茶亭区玉峰乡，1958年9月属玉峰大队，1960年析出成立石井大队属音西公社，1984年改大队为村委会，属音西乡，1990年撤乡置镇亦随之。

2005年12月改为玉屏街道石井村。