因位于胡店子以南，得名南店，又因村委会驻地于此，故得名。

南店村隶属于霍邱县扈胡镇，地处扈胡镇东南，南与乌龙镇接壤，紧邻县道。2011年由南店和龚圩两村合并而成。 全村共645户2400余人，耕地3633亩。村内有党员电教室、活动室、合作医疗室、养老院。村内普及了电视电话，修通了2.9公里的村村通公路，户户用上了清洁水。60%的用户用上了太阳能。沼气应用初具规模。农村小城镇的规模正在逐步形成。南店村与云居村、六楼村、新春村、花园村、高镇村、棠梨店村、齐王庙村、上楼村、粉坊村、街道村、月亮湾村、西朱塔村、黄泥岗村、新路桥村相邻。历史沿革：建国初期时属扈胡乡，1958年人民公社化时属飞跃公社，1961年公社和大队均划小，属扈胡公社，1969年撤区并社时属扈胡公社，1972年恢复区委建制分设区，属扈胡公社，1983年人民公社体制改革，政社分开，属扈胡乡，1992年撤区并乡时属扈胡镇。

1993年设立南店村；2010年龚圩村并入南店村。