因早年邱姓村民在村西建有庙宇，故名。

邱庙村紧扼杨疃镇“南大门”，距县城仅7.5公里，素有县城“后花园”美称。201省道（灵房路）、宿泗高速公路和建设中的宿淮铁路穿境而过，交通便利，资源丰富，是全县重要优质小麦良种繁育基地、生猪养殖基地。全村13个自然庄，1300余户，5412人，耕地12231亩，2011年全村农民人均纯收入5000元，比上年增加1500元，增长42.8%。 村党总支下辖2个党支部，5个党小组，现有党员129人，其中女党员13人。现有村两委干部12人，其中省直机关下派驻点帮扶新农村建设干部1人、大学生村官1人。 2006年被确定为省级新农村建设示范村，2008年被评为“+查看详细邱庙村概况>>

2022年12月，安徽省委农村工作领导小组公布2022年安徽省乡村振兴示范村创建名单，邱庙村上榜。

2021年11月，被确定为第二届灵璧县文明村镇。

2021年1月，邱庙村被认定为2020年度安徽省美丽乡村示范村。

历史沿革：1958年为邱庙大队，1984年为邱庙村村民委员会。

1992年小胡村、四魏村二村合并，属杨疃镇，仍为邱庙村村民委员会，2005年山李村并入，属杨疃镇，名称沿用至今。