清末时苗姓人士建一寺庙（祠堂），故名。

苗寺村地处“两河”交汇处的三角地带，受洪水经年冲击，地势低洼，地貌复杂。它南临谷河，东延界南河，北靠县化工总厂，西与阜西村接壤，面积10平方公里，为鹿城镇的南大门。 境内座落十六个自然庄，二十九个村民组，S202公路穿越其间，村民分居公路两侧。全村5400人，1340户，4744.04亩土地。村属防洪圩堤5000米，排涝站、电灌站、泻洪涵闸各一座，灌溉地下管2500米，蓄水橡胶坝介于两站之间。笔直的机耕生产路纵横七条，四通八达，把耕地划成方块田。田成方，树成行，庄稼旺。每到收获季节麦浪翻滚、稻花飘香，一派生机盎然、丰收在握的景象，一片尽人领略、令人福往的田园风光。 一九九二年始+查看详细苗寺村概况>>

2019年5月，苗寺村入选2018年度安徽省森林村庄。

大苗庄遗址大苗庄遗址位于阜南县鹿城镇苗寺行政村，年代为西周。类别为聚落址。为县级文物保护单位。历史沿革：1961年建苗寺大队、新合大队、李庄大队，1983年队改村。

2006年并村时与李庄村，新合村合并为苗寺村。