2006年10月村级规模调整时撤销吴店、孙长营、韩寨（1994年自孙长营村委会划出）、三吴等村委会并称今名。

吴店村地处双浮镇最东部，与旧县镇宋沟村紧临，沿谷河两岸，土地肥沃，水资源丰富，经过努力，近几年修了几条水泥路，改变了群众出行难的局面，目前交通便利，也通上了太和至吴店的公-车。吴店村是由原来的韩寨、孙长营、吴店、三吴四个小村合并未成。目前全村总面积6平方公里，辖12个自然村，1395户计5328人，耕地面积5939亩。本村于2006年成立党总支，分5个包村点，下设4个小支部。现有党员124名。吴店村与张李村、红旗村、刘老桥村、前进村、双兴村、陈寨村、麦仁村、双浮村、韩张村相邻。荣誉排行：

2023年5月，被命名为第十批“阜阳市民主法治示范村（社区）”。

2021年1月，吴店村被认定为2020年度安徽省美丽乡村示范村。

历史沿革：解放前，称五家店、吴店集。

1958年属双浮人民公社，1983年属双浮乡，1992年属双浮镇，2006年10月村级规模调整时撤销吴店、孙长营、韩寨（1994年自孙长营村委会划出）、三吴四村委会并称今名。