因境内有自然集，地处定远县城东南，得名南店，以此名称命名，又因村委会驻地于此，故得名南店村村民委员会。

南店村距定城十五公里，金藕路横穿全村，南店水库所在地，全村三十六个村民组，4601口人，986户居民，总面积20.3平方公里，耕地面积15600亩，其中水田14660亩。 南店集镇一直是原南店乡政府所在地，交通便利，市场繁荣，人杰地灵，以发展农业种植业、畜牧养殖业为主。南店村与川心村、周王村、下马村、大谢村、仁和村、朱集村、祠山村、塔山村、大梅村、大杨村、石荷社区、回民村、马刘村、崇山村相邻。荣誉排行：

2024年3月，南店村被安徽省林业局授予2023年度安徽省森林村庄称号。

2023年9月，被确定为定远县2022年度平安村（社区）。

历史沿革：1949年废除保甲制，属南店乡；1952年为南店、杨桥、黄林三个初级农业合作社；1958年为南店、杨桥、黄林三个大队，隶属仓镇人民公社；1976年划属南店公社；1981年杨桥大队更名为潘许大队；1983年12月体制改革，公社改乡，大队改村，置南店乡，改置南店、潘许、黄林三村；2006年9月随南店乡并入藕塘镇，南店、潘许、黄林三村合并成立新的南店村，隶属不变。