因村部坐落在马沟西200米，故取名马沟大队，后取名马沟村，村委会负责管理全村日常事务，故名。
马沟村位于淮北市最南部，处于三县交界，全村共有20个村民小组，15个自然庄，全村共有人口3630人，土地面积5997亩，全村有0党员87名，有两个党支部，十个党小组。主要以生产花生，棉花经济作物为主。马沟村与陈集村、罗集村、大桥村、赵元村、祝庙村、张圩村、高家村、熊庙村、三和村、谢店村、魏圩村、张集村、施刘村、沈湖村相邻。荣誉排行：
2024年3月，马沟村被安徽省林业局授予2023年度安徽省森林村庄称号。
马古堆遗址马古堆遗址位于濉溪县双堆集镇马沟村，年代为新石器。类别为古文化遗址。为淮北市市级文物保护单位。历史沿革：1958年人民公社化，为陈集公社马沟大队；1983年公社改乡，为陈集乡马沟村；2006年区划调整，陈集乡并入双堆集镇，为双堆集镇马沟村至今。
