以石柱自然村得名。石柱，因村内昔有海蚀石柱得名。元大德《昌国州图志》卷二和延祐《四明志》卷七载为大岙头，为宋元时期昌国县（州）蓬莱乡69岙之一。清乾隆《崇明县志》卷一载为石池。1918年1：5万地形图《马迹山》载为石柱。

2025年3月，被命名为第七届全国文明村镇。

2023年1月，浙江省农业农村厅、浙江省乡村振兴局将石柱村纳入2022年浙江省乡村振兴示范村创建名单。

2022年12月，石柱村被确定为2022年浙江省高标准农村生活垃圾分类示范村。

2019年12月，石柱村被命名为2019年浙江省3A级景区村庄。

2019年12月，2019年度浙江省美丽乡村特色精品村名单公布，石柱村榜上有名。

石柱村是嵊泗县菜园镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为330922100205，居民身份证号码前6位为330922。邮政编码为316000，长途电话区号为580 ，车牌号码为浙L。石柱村与小关岙村、关岙村、马迹村、青沙村、金平村、高场湾村、基湖村、菜圃社区、海滨社区、沙河社区、东海社区、绿华村相邻。历史沿革：1934年属马关乡第四保。

1962年设石柱农业、石柱渔业2个大队。

1984年撤队合设石柱村民委员会。

2001年并入菜园镇2016年改称石柱社区村民委员会。