因该村落的地理位置紧靠京杭运河南面，故取名南运河村。
2023年12月，被命名为2023年江苏省卫生村。
南运河村：位于李口镇以北5公里处。南运河村与谭坝村、臧梨园村、崔陈村、卢塘村、吴集村、灯塔村、李庄村、罗圩村、农李村、渡口村、凌孟村、其虎社区、葛庄社区、李口社区相邻。历史沿革：1958年设立南运河大队；1999年更名为南运河村村民委员会；2001年与原徐圩、邱渡、兴道村合并成立新的南运河村村民委员会，村部设在原邱渡村，驻马家圩，沿用至今。
