因辖区内腰舍，板余两自然村而得名。
2022年1月，江苏省爱国卫生运动委员会命名腰余村为2021年江苏省卫生村。
腰余村：位于许河镇东南6公里处。腰余村与元东村、高中村、板鱼村、元官村、三苴村、丁河村、西灶村、东进村、云集村、许南村、高墩村、芦河村、联富村、杨河村相邻。历史沿革：解放初，为腰余乡。
1983年体改时，设立腰余村村民委员会。
