清同治年间，在此庄建玄帝庙，故名。

马陵山镇玄庙村耕地面积4300亩，辖9个村民小组，6个自然村庄，总人口3762人，党员67人。村民主要以小麦、玉米等传统农作物种植和家庭一般畜禽养殖及外出务工作为主要收入来源，村集体缺少收入来源。2017年村集体收入10万元 ，村民人均纯收入12182元。玄庙村与三合村、小蒋村、黄甲村、宋山村、陈楼村、尚河村、小周村、高原村、广玉村、湖东村、冲口村、钟吾村、新宅村、太平村相邻。荣誉排行：

2018年12月，江苏省爱卫会命名玄庙村为2018年度江苏省卫生镇（村）。

历史沿革：1950年属新安县玄庙乡。

1959年6月属新沂县王庄公社玄庙大队。

1983年属新沂县王庄乡玄庙村村民委员会。

1986年属新沂县王庄镇玄庙村村民委员会。

1990年属新沂市王庄镇玄庙村村民委员会。

2006年3月属新沂市马陵山镇玄庙村村民委员会，沿用至今。