该村原名“花石村”村北建有奶奶庙，以后有雷姓的一个寡妇布施钱财，重修了此庙，人们为了纪念这个乐善好施的寡妇，该将花石村，改为娘娘庙。

2023年11月，山西省爱国卫生运动委员会命名娘娘庙村为2023-2025年山西省卫生村。

2020年8月，山西省爱国卫生运动委员会命名娘娘庙村为2020—2022周期山西省卫生村。

娘娘庙村是岢岚县水峪贯乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为140929203202，居民身份证号码前6位为140929。邮政编码为034000，长途电话区号为350 ，车牌号码为晋H。娘娘庙村与水峪贯村、芦子河村、沙塔村、大化村、寨上村相邻。历史沿革：1962年为娘娘庙生产大队，隶属于芦子河公社，1984年政社分设时为娘娘庙村民委员会，隶属于芦子河乡，2001年乡镇撤并后为水峪贯乡。