原是马姓立庄，又在沟里，起名马家沟。因村委会驻地此处，故名。

马家沟村是武乡县上司乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为140429205208，居民身份证号码前6位为140429。邮政编码为046000，长途电话区号为355 ，车牌号码为晋D。马家沟村与胡家庄村、蒋家庄村、上司村、小店村、铺上村、窑头村、圪针庄村、岭头村、郑峪村、韩庄村、下司村、墁坡村相邻。历史沿革：1949年属四区（姚家庄）下辖行政村的一个自然村；1953年属四区（姚家庄）下辖乡的一个自然村；1954年属县直乡下辖的一个自然村；1956年属郑峪乡的郑峪农业社下辖的一个自然村；1958年属张庄乡下辖的一个农业社；1959年属上司人民公社下辖管理区的一个自然村；1961年属上司人民公社下辖的一个生产大队；1984年撤销生产大队，设立马家沟村民委员会，2017年撤并行政村，将冀家垴村并入马家沟村。