因村东有一座孤独的小山，故取名。

2023年11月，山西省爱国卫生运动委员会命名孤山村为2023-2025年山西省卫生村。

2020年8月，山西省爱国卫生运动委员会命名孤山村为2020—2022周期山西省卫生村。

孤山村是灵丘县落水河乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为140224200207，居民身份证号码前6位为140224。邮政编码为037000，长途电话区号为352 ，车牌号码为晋B。孤山村与巨羊驼村、北水芦村、固城村、上堡村、南淤地村、南庄村、西庄村、大涧村、新庄村、三山村、落水河村、乐陶山村、新河峪村、招柏村相邻。历史沿革：1949年属于落水河区，1958年属于落水河公社，1961年属于落水河公社，1984年政社分社后属于落水河乡，设立孤山村民委员会。