古时此地有寺院“飞云观”，明清设“飞云驿”，因古驿站而得名，俗称瓦云镇。
泾川县辖乡。1949年为飞云乡，1958年并入高平公社，1961年析置飞云公社，1983年复置乡。位于县境东部，距县城30公里。面积81.5平方公里，人口1.7万。312国道横贯境内东西，飞(云)长(庆桥)公路沟通境内南北。辖南庄头、飞云、老庄、坡头、南峪、元朝、东高寺、西高寺、阎崖头、岸门、毛家11个村委会。乡镇企业从事建材、服装加工等行业。农业主产小麦、玉米、高粱。荣誉排行：
2023年3月，飞云镇被授予甘肃省第十六批省级文明村镇称号。
2023年2月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名飞云镇为2022年度甘肃省卫生乡镇（街道）。
2021年8月，飞云镇入围2021年度中国苹果产业百强镇。
民国二十三年（1934年），编组保甲时，设新民乡，后改飞云镇。
1949年以后，为高平区飞云乡，辖飞云、西高寺、东高寺、毛家、岸门等村，老庄、坡头、南峪、阁崖头、南庄头、元朝6村属窑店区。
1957年，底撤区并乡时，设飞云乡。
1958年，公社化后，属高平公社。
