清光绪七年（1881）设地东宗，治地东村故名，后迁墨脱村而改墨脱宗，1959年7月与金珠谿、旁辛谿合并设县；据《中国地名辞源》：因境内山青水秀、四季花香得名；藏语意为花朵、隐藏的莲花，示以花乡之意；或说因“当地气候温暖，四季花香得名。

墨脱县，曾经是全国惟一不通公路的县，直到1993年才有沙石公路通达墨脱县城，2009年4月20日，我国最后一条通县公路——墨脱公路新改建工程奠基仪式在嘎隆拉雪山口举行。这一工程的正式开工，标志着我国县级行政区域不通公路的历史即将结束！墨脱是雅鲁藏布江进入印度阿萨姆平原前流经的我国境内最后的一个县，也是西藏东南部最为偏远的一个县，位于喜马拉雅山脉东端南麓，面积三万多平方千米（包括麦克马洪线以南属于墨脱县的两万多平方公里，目前实际控制一万多平方公里），境内居住门巴、珞巴等少数民族。墨脱县位于西藏东南部，地处雅鲁藏布江下游、喜马拉雅山一岗日嘎布山脉的南部。总面积3.4万平方公里（一说总面积3+查看详细墨脱县概况>>

2025年12月，上榜2025中国最美县域榜单。

2025年5月，上榜2025中国最美小城排行榜第57佳，特色：莲花圣地、热带雨林最后的秘境，热带雨林与雪山并存的生物地理奇迹。

2025年5月，被命名为2025年生态文明建设示范区。

2025年4月，被命名为全国双拥模范城（县）。

2023年5月，入选2024美丽中国·深呼吸生态旅游魅力名县名单。

2024年6月，2024年全国县域文旅融合综合竞争力100强发布，墨脱县名列第98位。

2024年5月，2024中国最美县域榜单发布，墨脱县上榜。

2024年3月，第二批全民运动健身模范市县创建名单公布，墨脱县入选。

2023年7月，墨脱县获评为2023深呼吸生态旅游魅力名县。

17世纪中叶，居住在珠隅、门隅一带的门巴人陆续东迁至此。

清光绪十四年（1881），波密王嘎朗巴将势力渗入到白玛岗地区，在当地设地东宗。

1919年，因地东宗治所缺水，宗政府由地东迁到墨脱东布，从此改称地东宗为墨脱宗。

1931年，噶厦政府将墨脱分封给色拉寺、倾多寺和松宗寺，3寺各自建宗。

1951年11月，昌都地区人民解放委员会驻波密第二办事处成立，白玛桂溪属波密第二办事处管辖。