元朝年间，于此地设百户所，由于辖区当时不到百户人家，俗称小百户，故名。
地理位置：小百户镇位于陆良县西部，距县城9公里,地势西高东底。北高南低，东与中枢镇接壤；南与大莫古镇和石林县石林镇接壤；西与宜良县九乡和马龙县纳章接壤；北与芳华镇接壤。气候特征：森林覆盖率46%；平均海拔1870米，年平均气温14－14.7℃，降雨量1000mm左右，无霜期249天，年平均风速4.6米／秒，年均日照1900小时。土地面积：国土总面积449.87平方公里，耕地总面积2733.4公顷，其中水田1426.7公顷，旱地1306.7公顷，人均耕地1.02亩。人口与民族：辖14个村民委员会，81个自然村，115个村民小组，居住着汉、回、彝三个民族。2004年末总户数9940户+查看详细小百户镇概况>>
2023年11月，小百户镇被认定为第三批全国乡村治理示范乡镇。
2021年3月，小百户镇入选2020年云南省卫生乡镇名单。
杨梅山村古石埂杨梅山村古石埂位于陆良县小百户镇芦山村委会杨梅山村西北1500米的白泥沟。石埂，当地俗称石埂子，呈西南—东北走向，为不规则石灰岩砂石垒砌而成，石块无明显人工加工痕迹。最长段石埂长180米、最天花城址天花城址位于陆良县小百户镇天花村西南300米处。城址呈长方形，占地面积16872平方米。城墙夯筑，无夯层、夯窝。城墙上种植云南松，四周为护城河。古城址损坏严重，保存状态相对较差。 城址建置准兴仁三堆子位于陆良县小百户镇兴仁村委会三堆子村正南200米处的耕地内。葬共有3座，呈东南—西北向水平分布。2009年6月，陆良县第三次全国文物普查时，分别将墓葬依次编号为1～3号梁堆墓。墓葬均为圆形土水麦田村奉天诰命碑水麦田村奉天诰命碑位于陆良县小百户镇北山村委会水麦田村东端。碑坐西向东，青石质，长方形。通高2.9米、宽0.9米、厚0.25米。碑座为长方形须弥座，素面，上端已毁。高0.47米、宽0.95米历史沿革：民国初，为西区，后改为第八区。
1963年，红星、联盟、五星3公社合并为小百户区。
