清末，以地形似“金狮把洞门”，故称“把洞”，民国后又以场后的巴山，场南侧的鱼洞寺更名为“巴洞”。
德昌县辖乡。明末建太平场，清末称“把硐”，民初改为“巴洞”，系慈博乡辖保。1951年建巴洞乡，1952年与宽裕乡合并称巴裕乡，1953年复巴洞乡，1958年茨达乡、宽裕乡并入改花园公社，1963年析建巴洞公社，1984年复巴洞乡。位于县境中部，距县城13公里。面积113平方公里，人口0.9万。德(昌)盐(边)公路纵贯南北。辖团结、松柏、先锋、前进、红旗5个村委会。乡镇企业有纸厂、砖厂、钛铁矿选厂等。农业主产水稻、小麦、玉米、早熟蔬菜，副业以花椒、生漆、木耳为主。养殖业以猪、牛、羊、蚕为主。巴洞镇联系电话：0834-5120041
2015年4月，被命名为2014年度四川省省级生态乡镇。
曾家坟山墓地曾家坟山墓地位于德昌县巴洞镇红旗村11社曾家坟山（原先锋村六组），年代为清代。类别为古墓葬。曾家坟山墓地为德昌县县级文物保护单位。保护范围：墓地范围。建设控制地带：墓地范围。河嘴遗址河嘴遗址位于德昌县巴洞镇前进村2社村南河嘴，年代为战国－西汉。类别为古遗址。河嘴遗址为德昌县县级文物保护单位。保护范围：遗址范围。建设控制地带：遗址范围。汪家坪遗址汪家坪遗址位于德昌县巴洞镇红旗村7社汪家坪（原红旗村十组），年代为新石器－战国。类别为古遗址。汪家坪遗址为德昌县县级文物保护单位。保护范围：遗址范围。建设控制地带：遗址范围。历史沿革：1951年8月，建乡。
1952年7月，与宽裕合并为巴裕乡。
1958年10月，与茨达、宽裕2乡合并为花园公社。
1963年1月，析置巴洞公社。
1966年10月，更名红旗公社。
1980年12月，更名巴洞公社。
2015年，撤销巴洞乡，设立巴洞镇。
2019年12月，撤销宽裕镇，将其所属行政区域划归巴洞镇管辖。
