明朝时期，保靖宣慰司（当时属保靖州地）彭氏在现县城东2千米处建花园，规模宏大，故称花园。清朝乾隆六十年（1795）建筑城垣，嘉庆七年（1802年）改城花垣。
团结镇，道二乡，花垣镇成建制合并设立花垣镇花垣县辖镇。县府驻地。1958年为东风公社，1961年改置花垣镇公社，1980年设花垣镇，1989年撤三角岩乡并为花垣镇。位于县境北部，花垣河南岸。面积68平方公里，人口4.4万。镇政府驻三角岩。湘川公路过境。辖狮子桥、望城、洞溪坪、南门、农科站、蔬菜、新生屯、卡地、园艺场、大冲、龙洞、卧龙榜、依溪、清水塘、大营盘、凉水井、拐带坡、马其络、朝料、佳民、渔场、花桥、麻场、伍家坡、丰和、三角岩、坝塘27个村委会及浮桥街、东正街、十字街、老子街、酉长街、车站街、新街、三岔路、柑子园等9个居委会。乡镇企业以商贸、农机、建材、建筑和冶炼、饮食服务业为主。农产+查看详细花垣镇概况>>
2011年4月，第二批湖南省省级环境优美乡镇名单公布，花垣镇上榜。
三溪口屯堡三溪口屯堡位于花垣县花垣镇狮子桥村，年代为明-清。类别为古遗址。为湘西自治州州级文物保护单位。三溪口古石桥三溪口古石桥位于花垣县花垣镇狮子桥村，年代为明-清。类别为古建筑。为湘西自治州州级文物保护单位。历史沿革：清代时期，花垣镇境域为永绥厅驻地。
民国时期，为永绥县治所在，称花垣镇。
1958年，属东方公社，1961年，为花垣镇人民公社。
1989年10月，三角岩乡并入花垣镇。
2005年8月，窝勺乡并入花垣镇。
2015年，团结镇，道二乡，花垣镇成建制合并设立花垣镇。
