吉卫镇因镇人民政府设于吉卫村而得名。
花垣县辖镇。民国时期属清隆乡。解放初属五区，1958年属红旗公社，1959年改吉卫公社，1984年撤社建镇。位于县境南部，距县城39公里。面积85.2平方公里，人口1.5万，系苗族聚居乡。镇政府驻吉卫，花(垣)雅(西)、吉(首)松(桃)公路贯穿镇内。辖吉卫、排座、排大坝、德高、腊乙、新寨、老卫城、鸡司、大老排、夯来、如腊、葛藤、过水、螺丝董、葫芦、白果、水洋、凉昌、古牛、白岩坪20个村委会及梅花井、卫城2个居委会。乡镇企业以商贸、运输、建筑和饮食服务业为主。农产以水稻、玉米、甘薯、豆类、花生为主，1956年国家批准的《苗文方案》以吉卫苗语为标准音，1987年在吉卫举办盛大的苗族传统节日“四月八+查看详细吉卫镇概况>>
2021年3月，湖南省人民政府办公厅公布吉卫镇为2020年度湖南省安全发展工作示范单位。
2021年1月，湘西自治州爱国卫生运动委员会命名吉卫镇为2020年度湘西自治州卫生乡（镇）。
2013年12月，第五批湖南省省级生态乡镇名单公布，吉卫镇上榜。
新寨窑址新寨窑址位于位于花垣县吉卫镇新寨村五组，西南距老卫城遗址约2公里。该窑址发现于2015年，为龙窑，顺山势而建，分布面积约200平方米。考古清理出土了大量瓷器，共计700余件。根据地层叠压关系螺蛳董城墙螺蛳董城墙位于花垣县吉卫镇螺狮董村，年代为明-清。类别为古遗址。为湘西自治州州级文物保护单位。吉卫革命烈士陵园吉卫革命烈士陵园位于花垣县吉卫镇吉卫民族小学内，年代为以纪念塔基为起点，东向延伸至烈士墓，西、北、南延伸3米。为湘西自治州第五批州级文物保护单位。保护范围：以纪念塔基为起点，东向延伸至烈士墓吉多坪城址吉多坪城址位于花垣县南39公里的吉卫镇集镇西北。宣统《永绥厅志》载:“（清雍正）八年（1730年）设六里同知，治吉多坪。九年辰州知府李珣凤凰通判徐嘉惠兴筑土城。十年（1732年）改六里为永绥历史沿革：明代时期，吉卫镇境域为崇山卫卫址。
