因历史上曾在此地设巡检司而得名。唐朝元和年间，就有关于“巡检司店”的记载。清代修的《安陆县志》，记载这里古称“高桥镇”、“高窍镇”。相传清朝初年，巡店镇上有高姓等八个大姓人家住在镇上，高姓人家不吝钱财，在镇南面小河沟上，出资建了座木桥，方便人们进出小镇，这个镇便取名高桥镇，有人听说了，便记为“高窍”。
巡店镇位于安陆市西南部，盛唐时期在此设立巡检司，故简称巡店。曾一度因府河便利的水运交通而极度繁荣，素有“河中帆船万只，岸上店铺百家，商贾南来北往，货物应有尽有”的“小汉口”之美誉，曾是大革命时期和抗日战争时期的革0据地。1987年被孝感地委第一批批准建制镇。现有国土面积101平方公里，其中镇区面积4.5平方公里。下辖33个村，1个居委会，2个村级林场，245个村民小组，总户数10539户，总人口45193人，其中农业人口40376人，计税面积38500亩，主产粮、棉、油、蔬菜，是一个典型的农业乡镇。 巡店地处江汉平原北缘和大洪山山脉延伸的低山丘陵交会地带。东部为冲积平原的夹河洲+查看详细巡店镇概况>>
2016年7月，农业部认定巡店镇为第六批全国一村一品示范村镇（安陆白花菜）。
2011年12月，湖北省环境保护厅命名巡店镇为2011年度湖北省省级生态乡镇。
胡家山遗址胡家山遗址位于安陆市巡店镇程畈村的胡家山，是一处重要的新石器时代遗址。该遗址于1978年发现，现场采集到石斧、石凿、纺轮，黑陶鼎三角足，灰陶鼎高扁足和杯、豆、碗、罐、盂形器等器物陶片，陶色以历史沿革：1949年10月为巡店区，1952年为第二区，1956年3月为第三指导小组，1958年9月为幸福人民公社，同年底为巡店人民公社，1961年4月为巡店区。
1975年2月为巡店人民公社，辖夹河、巡店、辛榨、高店管理区。
1979年2月桑树人民公社并入巡店人民公社。
1987年为巡店镇，分离辛榨、高店管理区，设立辛榨乡；分离桑树、洪山管理区，设立桑树乡。
2001年4月桑树乡并入巡店镇，下辖33个行政村、1个+查看详细巡店镇历史沿革>>
