明洪武三年（1370），穆姓在此始设店，渐兴集，故名。

穆店乡位于鹿邑县境中北部偏北地区，距鹿邑县城约12公里，南临311国道，北靠涡河，东西长12.5公里，南北宽9公里。全乡共辖32个行政村，127个自然村，5.4万人，58770亩耕地。 地理优越，交通便捷，集镇建设日新月异。穆店乡始终以发展为主题，以学赶先进为动力，以对外开放为举措，加快农业产业化进程，发展壮大工业主导产业，完善基础设施建设，优化经济发展环境，努力实现全乡经济跨越式发展和社会全面进步。大鹏振翅搏长空，千年故土展新姿。借改革发展之天时，占区域优势之地利，凭万众一心之人和，穆店乡正扬帆奋进在跨越式发展的征途上。在新的世纪，穆店人民将以敢为人先的全新姿态，高扬“传承文+查看详细穆店乡概况>>

2020年9月，穆店乡被确定为2020年度河南省”平安农机”示范乡（镇）。

1949年属鹿邑县第七区（菩提区）赵村乡。

1961年设赵村区穆店小公社。

1983年撤人民公社，改穆店乡。