因镇政府驻地村名而得名。明初洪武（1368-1398），由山西平阳府洪洞县大槐树下迁民到此，见此地虽人烟稀少，但水草丰茂，榆树、白杨树多而高大，野鹊成群，搭窝栖息，随在此聚集而居，将此村取名野鹊窝。清朝末年，改名仁里。“仁里”语出《论语·里仁》：“里仁为美”。里者，民之所居，居于仁者之里，是为美。因仁里设有集市，遂称仁里集。
“仁里”语出《论语.里仁》“里仁为美”。里者，民之所居，居于仁者之里，是为美。后称风俗淳美的乡里为仁里。仁里物阜民丰，人民热情好客。清末年间，民间贸易活跃，商贾云集，故为仁里集。 政区 人口 全镇总面积126平方公里。辖103个自然村，99个行政村。全镇总人口5.1万人，农业人口4.7万人，男女性别比129，人口出生率8.85‰，人口自然增长率1.08‰ ，少数民族25人。 经济概况 2006年国内生产总值85000 万元，比上年增长26% 。一、二、三次产业比例1：3.5：2.3 。共完成社会固定资产投资总额176000万元。实现社会消费品零售总额35000万元+查看详细仁里集镇概况>>
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2023年8月，仁里集镇上榜2022年德州市耕地保护激励名单。
2018年12月，山东省文明委推选仁里集镇为2018年度山东省省级文明村镇。
齐河武庄遗址武庄遗址位于仁里集镇武庄北500米处，南北长为76米，东西宽为47米，分布面积约为4000平方米。上世纪70年代村民挖排水沟时把该遗址一分为二，南（水沟南）侧为高2.5米台状并种植杨树及农作韩胡遗址韩胡遗址位于仁里集镇韩胡村西1000米处，南北长113米，东西宽95米，分布面积为10735平方米。西部的15米处和北处7米处已被挖平，其余部分高1——2米，为不规则台状，周围是工地。据遗址历史沿革：原属长清县。
1965年5月，析仁里集公社西部设立大张公社。
1968年12月，大张公社并入仁里集公社。
1969年12月，大张公社划出。
1984年，改公社为仁里集乡、大张乡。
2000年，仁里集乡、大张乡合并为仁里集镇。
