因境内曾有座塑神像百尊的庙宇，故名百神庙。

百神庙镇位于舒城县东部，距县城25公里，东与巢湖市庐江县毗邻，一九九二年并乡时，由原百神庙镇、白马宕乡、周公渡乡合并而成，全镇总面积为72平方公里，共辖18个村1个居委会，238个村民组，耕地面积2835公顷，林地面积428.5公顷，总人口45758人，亚热带季风气候，平均年降水量约1000毫升，年平均气温16.5℃，无霜期235天。 百神庙镇历史悠久，相传早在明清年代，百神庙地势由伏、坐、卧三虎会聚而成，因而县内鹿起庙派僧化斋建庙于此，塑神像百尊，人称百神庙，镇名由此而来。 百神庙镇区位优势明显，基础设施日臻完善,镇区距合九铁路、沪蓉高速公路舒城站仅15公里。建成了镇+查看详细百神庙镇概况>>

2021年1月，2020年度安徽省卫生城市（县、区、乡镇）名单出炉，百神庙镇榜上有名。

2020年4月，百神庙镇上榜第五届安徽省文明村镇名录。

2019年5月，百神庙镇被授予2018年度安徽省森林城镇称号。

2016年6月，百神庙镇被命名为第十批安徽省省级生态乡镇。

大墓儿墩遗址大墓儿墩遗址位于舒城县百神庙镇杭南中学，年代为新石器时代。类别为古遗址。2002年9月4日，舒城县人民政府公布其为第三批文物保护单位（舒政（2002）50号）。保护范围：大墩子及东、西墓墩。历史沿革：1951年设枣木桥、百神庙、太平乡。

1983年体制改革重建古楼岗乡。

1984年改古楼岗乡为百神庙镇（乡级镇）。