因境内有马王庙，取“马庙”二字得名。
与新县城毗邻比肩，与天柱山含情对视，与安庆市咫尺牵手，与黄鹤楼遥相伫望，这就是座落在桐、怀、潜三县（市）交界处的怀宁县马庙镇。全镇总面积80平方公里，耕地3.2万亩，下辖13个行政村、3个居委会，总人口为4.6万人，共设39个基层党组织，现有党员1329人。 马庙镇历史悠久，底蕴深厚。在旧石器时代就有人类在此繁衍生息，经过刀耕斧削和含辛茹血的辛勤劳作，祖祖辈辈们先后创造出了灿烂的文明，境内古文化遗址遍布，古文物价值连城，其中栗岗村境内的孙家城土城遗址，已被确认为新石器时代文化遗存，采集的标本有石斧、石铲、石环、鼎足、陶片等，现已公布为全省第五批重点文物保护单位。其名称的来历也颇具传奇+查看详细马庙镇概况>>
2024年3月，入选复查确认继续保留安徽省文明村镇荣誉称号名单。
2022年10月，2022年淘宝镇名单发布，马庙镇上榜。
2022年2月，安徽省爱国卫生运动委员会命名马庙镇为2021年度安徽省卫生乡镇（街道）。
2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，马庙镇榜上有名。
2020年12月，马庙镇入选2020年度安徽省森林城镇。
2020年9月，阿里研究院公布2020年淘宝镇，马庙镇榜上有名。
2020年4月，马庙镇上榜第五届安徽省文明村镇名录。
孙家城遗址孙家城遗址，位于安徽省安庆市怀宁县马庙镇粟岗村。遗址东西长约750米，南北宽约430米，东、西、南三面为环形土城，北面为大沙河，文化层厚1米—8米不等，文化堆积散布城内，面积32万平方米，城世则学校旧址世则学校旧址位于安徽省安庆市怀宁县马庙镇磨塘村，年代为公元1930年。类别为近现代重要史迹及代表性建筑。世则学校旧址为怀宁县县级文物保护单位。程家新屋程家新屋位于安徽省安庆市怀宁县马庙镇严岭村，年代为清代。类别为古建筑。程家新屋为怀宁县县级文物保护单位。怀宁城河遗址城河遗址位于怀宁县马庙镇城河村。遗址四面环水，为水中小岛，四周高如城墙。遗址内文化堆积厚约1—4米不等，文化层中夹有一层沙石层，遗存中夹有砂灰陶片、灰砂红陶片、印纹硬陶片、鼎足、鬲足等，纹饰历史沿革：1945年设育儿乡；1950年，分属高河区和新安区；1958年成立育儿人民公社，后并入高河人民公社；1961年恢复育儿公社；1969年将枫林辖区并入新安公社；1984年，体制改革，新安公社改为育儿乡；1992年将育儿乡的新山、凌桥两村村民委员会划归高河镇，撤育儿乡设马庙镇；2004年11月，原枫林乡划入马庙镇，属怀宁县管辖，地名沿用至今。
王星拱（1888～1949），谱名芳辰，字抚五，怀宁高河埠王家大屋（今马庙镇凌桥村）人，全国著名教育家、科学家、爱国民主人士。王星拱3 岁丧母，少时寄读于外祖父刘家，因天资聪颖，勤奋好学，深受外祖父一
