一说，南北朝东魏武定五年（547），设置白掸县，因“白掸”与百善谐音，清朝初期，并形成了较大的贸易场所，商贾云集，演为百善集；二说，明清时期，百善集更名为石洪村。后来有100多名行善的人在此建一所慈善堂，百善因此得名。

名称来历 南北朝时期东魏武定五年（公元547年），设置白掸县（治所在今百善），因“白掸”与百善谐音，故“百善”由“白掸”所演变。地理位置 百善位于东经116°32′-116°44′，北纬33°44′-33°52′。地处濉溪县中部，北距县城20千米。东连四铺镇，南邻临涣镇，西接铁佛镇，北靠濉溪镇。百善镇人民政府驻地百善村，程控电话区号0561，邮政编码235151。政区沿革 梁武帝普通六年（公元525年）置临涣郡，治铚城,本地属临涣郡。东魏武定五年(公元547年),析临涣郡置白掸县和涣北县。白掸县治所在今百善集南。大业六年（公元605年）白掸县并入临涣县。同年开掘隋唐大运河首期工程通济渠+查看详细百善镇概况>>

2025年10月，位列2025安徽省综合竞争力百强镇第94名。

2024年7月，位列2024安徽乡镇综合竞争力百强榜第80名。

2024年3月，入选复查确认继续保留安徽省文明村镇荣誉称号名单。

2023年8月，农业农村部、财政部发布首批国家农业产业强镇名单，百善镇（小麦）榜上有名。

2020年4月，百善镇上榜第五届安徽省文明村镇名录。

2019年10月，2019年度全国综合实力千强镇榜单公布，百善镇位列第638名。

2018年11月，安徽省民政厅认定百善镇为第六批安徽省千年古镇。

2014年7月，百善镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

王马庄遗址王马庄遗址位于濉溪县百善镇道口村，北距隋堤约300米，年代为唐—清。类别为古文化遗址。为淮北市第四批市级重点文物保护单位。秦古城遗址秦古城遗址位于濉溪县百善镇王司行政村秦古城自然村北侧，年代为汉代。类别为古文化遗址。为淮北市第四批市级重点文物保护单位。柳孜镇遗址柳孜镇遗址位于濉溪县百善镇柳孜行政村，年代为隋—清。类别为古文化遗址。为淮北市第四批市级重点文物保护单位。历史沿革：清宣统二年（1910），百善置镇。

1912年后，百善设乡，属宿县管辖。

1930年，百善乡改宿县第三区。

1939年6月，宿西县办事处下设柳孜区，后又改为百善区，下辖9个乡；1947年，恢复宿西县，设百善区。

1950年，百善设乡，属长山区管辖。

同年8月15日，设百善区（濉溪县第五区），下辖12个乡。

1955年12月，区划变动，百善区下辖6个乡1个镇(百善镇）。

1957年，百善区下辖8乡一镇（百善镇）。