“菱塘”以公社机关驻地菱塘桥下的一段河床形似池塘，淤泥肥沃，盛产菱角而得名。

早在元朝时期，菱塘就有回民定居，此地被称作“回回湾”。相传700多年前阿拉伯人普哈丁来扬州传教时，菱塘即有300多回民在此依山傍水生活，世代生息，繁衍了数千子孙，并建设了清真寺，作为本地和邻近县市穆斯林宗教活动的中心场所。现座落在菱塘回民集居地清真村的老清真寺，曾三易其址，但至今保存完好。据历史记载，寺内现存一颗已有300余年的银杏树和近百年的金桂、银桂各一株，还保存着世代相传的大明宣德年号的铜香炉两只，堪称历史文物。1989年11月，沙特阿拉伯等海湾五国驻华使节及夫人专程来到菱塘回族乡参观访问，在该寺做了虔诚的礼拜。为了方便集镇回民宗教生活，1995年投入180万元在菱塘镇兴建了我国华东地区+查看详细菱塘回族乡概况>>

2023年3月，入选扬州市第一批地名文化遗产保护名录名单。

2022年，入选2022年江苏省省级地名文化遗产名单。

2022年1月，全国爱国卫生运动委员会重新确认菱塘回族乡为2021年度国家卫生乡镇（县城）。

2021年9月，菱塘回族乡被认定为第二批全国乡村治理示范乡镇。

2021年1月，国家民委命名菱塘回族乡为第八批全国民族团结进步示范区。

2018年3月，江苏省环保厅公布菱塘回族乡为首批江苏省生态文明建设示范镇村。

2016年11月，江苏省商务厅确定菱塘回族乡为第二批江苏省农村电子商务示范镇。

2016年1月，住房和城乡建设部命名菱塘回族乡为2015年国家园林城镇。

2014年7月，菱塘回族乡被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

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菱塘清真寺菱塘清真寺位于我省唯一的回族乡菱塘北部的清真村，是传教士薛琦于清道光二十四年（公元1844年）所建。该寺占地面积3500多平方米，呈前后三进。内设前殿、大殿、窑殿、水房、教长室和殡具室。其中骑龙墓群骑龙墓群位于高邮市菱塘回族乡骑龙村。为县级文物保护单位。历史沿革：1956年由桃源、菱塘、北岗乡合并为菱塘乡。

1988年4月撤销菱塘乡，建立菱塘回族乡，成为江苏省唯一的民族乡。