《高邮县地名录》（1983年版）记载：“甘垛”以南甘垛的简称得名。南甘垛，历史名称为茅垛，地处洛阳河之南，后垦荒种粮，故名。

高2013区划调整：将原甘垛和横泾合并设立新的甘垛镇邮市甘垛镇地处长江三角洲，位于江苏沿江经济开放带的北侧，-公路、宁靖盐高速公路和京杭大运河纵贯南北，高兴东一级公路穿境而过。甘垛镇总面积88平方公里，耕地6.7万亩，水产2.3万亩，人口近4万人，辖18个行政村，2个社区居委会。甘垛镇交通便捷、环境优美、资源丰富，目前，全镇各行各业正呈现出强劲的发展势头。市属驻甘垛镇单位工商、国税、地税共拥有固定资产300多万元，投资2000多万元的甘垛1l万伏变电所已投入运行，近年来，镇党委、政府提出“工业旨镇、农民增收、社会稳定”工作思路，并实施集镇建设和基础设施建设两大战略，积极打造经济建设的硬+查看详细甘垛镇概况>>

2024年3月，甘垛镇被命名为第六批江苏省生态文明建设示范乡镇（街道）、村（社区）。

2020年1月，江苏省爱卫会命名甘垛镇为2019年度江苏省卫生镇（村）。

2011年4月，环境保护部授予甘垛镇2011年度国家级生态乡镇称号。

孙子明烈士纪念塔孙子明烈士纪念塔位于高邮市甘垛镇子明村。为县级文物保护单位。历史沿革：1958年建立甘垛公社。

2000年5月撤乡并镇，平胜乡、甘垛乡合并设立甘垛镇。

2013年8月区划调整，横泾镇、甘垛镇合并设立甘垛镇。