20世纪初，居住在此处的7户人家以垦荒和晒盐为生，农田与盐田的交界处，筑了一条南北分界的堤渠，挖土成沟，故名堆沟。1983年9月，堆沟人民公社改堆沟港镇。

堆沟港镇地处灌河沿海开发前沿，东濒黄海，南依灌河，北枕新沂河，西接沿海高速、204国道，与田楼镇接壤，三面环水，一面朝陆，素有“灌河半岛龙头”之称。东西走向的345省道穿腹而过，南北走向的226高等级公路横穿灌河两岸，两条大道形成“T”字型。2013年3月2日，经省人民政府批准，撤销原堆沟港镇和五队乡，组建新的堆沟港镇，下辖27个行政村，4个社区，总面积155.48平方公里，10.6万口人（含外来产业工人2万人）。其中兴港居委会第三居民组是连云港市唯一的回民村，回民人口148人。全年可实现地区生产总产值160亿元，其中社会固定资产投入50亿元，完成财政收入3.36亿元，农民人均收入1.33万元+查看详细堆沟港镇概况>>

2025年9月，2025年全国千强镇名单揭晓，堆沟港镇位列第887名。

2024年9月，2024年度全国千强镇名单揭晓，堆沟港镇位列第860名。

2023年10月，2023年全国综合实力千强镇名单发布，堆沟港镇位列第848位。

2021年10月，堆沟港镇上榜2021年全国千强镇名单，排名第885位。

2019年10月，2019年度全国综合实力千强镇榜单公布，堆沟港镇位列第296名。

2018年12月，第二批江苏省生态文明建设示范镇村名单出炉，堆沟港镇上榜。

2017年12月，江苏省爱卫会命名堆沟港镇为2017年度江苏省卫生镇（村）。

2014年7月，堆沟港镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

堆沟稽核所堆沟稽核所位于灌南县堆沟港镇,始建于1935年,由当时的大德公司建造,总占地面积约4000平方米。大德公司主营盐业,稽核工业所是商家建设的住所。历史沿革：1949年为堆沟乡，属灌云县。

1960年2月，更名堆沟人民公社。

1987年2月，复置堆沟港镇。

2000年6月，九队乡并入堆沟港镇，沿用至今。