因村南有条大洼沟，沟中蛤蟆甚多，故有蛤蟆沟之称，传为村名，清代始演变为合沟。

新沂市合沟镇地处邳、新、郯两省三县交界处，大沂河、白马河、浪清河、十里长沟穿境而过，土地肥沃，水资源十分丰富。全镇总面积69平方公里，耕地面积11000亩，蚕桑12000亩，石榴15000亩，银杏8000亩。全镇人口5.5万，2002年全镇人均纯收入3800元。合沟素有“千亩渔塘万亩桑”的美称，曾被徐州市誉为“徐州蚕桑第一镇”，12000为桑 园成为农民增收的支柱产业，年产优质茧100万担，3500亩高标准水面养殖成为该镇收增的又一大“亮点”，水产品年产量达3500吨，产值达2000万元；每年五、六月间，沿新马公路两旁的10000多亩石榴，花开似火，争研斗艳，吸引无数处地客商前来参观考+查看详细合沟镇概况>>

2022年1月，合沟镇被命名为第四批江苏省生态文明建设示范乡镇（街道）、村（社区）。

2021年10月，合沟镇被文化和旅游部命名为2021-2023年度“中国民间文化艺术之乡”（剪纸）。

2017年12月，江苏省爱卫会命名合沟镇为2017年度江苏省卫生镇（村）。

新沂花城遗址合沟镇前八杨村发现的“花城遗址”，位于沂河东岸。现为高出周围地表的台地，方形，面积约10万平方。据调查，花城建于汉代，周围原有夯筑城墙，现以毁坏，东部、南部有护城河两段，地表可采集到绳纹陶片郇楼白马墩墓群合沟镇郇楼村位于江苏、山东交界处，郇楼村西北3000米有东汉墓群，共有9处墓地，山东郯城县涝沟5处，新沂郇楼村4处，当地称为“白马墩”、“大林墩”、“三林墩”、“小墩子”。 历史沿革：1996年3月设立合沟镇，隶属于邳州市。

1998年12月29日，由邳州市划归新沂市。