历经宋、元、明、清等各个朝代的频繁战乱，大批中原人士迁入上海地区，人口成倍增加，政府为了抵御倭寇入侵，筑南汇城，设立了惠南镇，以“有惠于南汇”得名。

惠南镇（三团）是原南汇县治所在地，位于县境中部。解放初期约1平方公里，1985年底为1.43平方公里。解放初期为4100人，1982年第三次全国人口普查时为21289人，1985年底为24492人。惠南镇之名启用于1934年本县实行保甲制之后，以“有惠于南汇”之意而得名，最早源于镇上的惠南书院。惠南镇距上海市中心人民广场约48公里。镇区四周原为惠南乡，东南为黄路镇（原二团区）界，现三乡镇即原南汇县城区及原二团区（南汇县第一区）已合并。镇区面积，解放初期约1平方公里，1985年底为1.43平方公里。 -历史惠南镇原名南汇城，城建于1386年（明洪武十九年），城+查看详细惠南镇概况>>

2022年10月，2022年淘宝镇名单发布，惠南镇上榜。

2022年1月，全国爱国卫生运动委员会重新确认惠南镇为2021年度国家卫生乡镇（县城）。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，惠南镇榜上有名。

2014年7月，惠南镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

2011年10月，环境保护部授予惠南镇2011年国家生态建设示范区之“全国环境优美乡镇”称号。

南汇桃花村上海南汇桃花村位于上海市南汇区惠南镇，紧靠市区、交通便利：园内有近500亩的桃园、水泊和各类珍贵树种，是历届上海桃花节的主景点：2004年10月，由上海乐联实业发展公司投资，著名园林设计专家桃源民俗村介 绍 南汇桃花节主会场，融合了当地的民俗风貌，村内的一屋一境皆表现了中国农村的生机与纯朴。园内种植了大量桃树，每年桃花开放之时，当地便组织“南汇桃花节”，内容丰富，引人入胜。这里是追寻浦东古钟园古钟园位于南汇区惠南镇西南角卫星河畔，始建于1982年，占地面积38700多平方米，是一所3星级公园。大明隆庆五年铸造的青铜巨钟坐落在南汇古钟园中心景区内，该钟钟口直径1.1米，高1.62米历史沿革：惠南镇成陆于宋代前。

明洪武十九年（1386），明政府为抵御倭寇入侵，筑南汇城。

清雍正四年（1726），南汇建县，县治设惠南镇。

1957年建立黄路乡，开始独立建置，隶属南汇县。

1959年建立人民公社，1984年撤社建乡。

1995年2月撤销惠南镇、惠南乡建制，成立新的惠南镇。

2003年5月撤销黄路镇和惠南镇建制，建立新的惠南镇，在黄路地区建立惠南镇社区办事处黄路工作站。

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