1937年瑷珲县南境析置孙吴县，以孙、吴两家地营子得名，据说在很久以前有孙吴二姓居住于此，故名。
孙吴县地处黑龙江省北部、小兴安岭北麓、黑河市中部，北邻黑河市，南接五大连池市，西连嫩江县，东与逊克县毗邻，是黑河市的重要交通枢纽。边境线长35公里，与俄罗斯阿穆尔州的康斯坦丁诺夫卡区隔黑龙江相望。全县总面积4318.9平方公里，辖2镇9乡（含1个民族乡）、94个行政村，2个国营农牧场、7个国有林场。孙吴县位于东经126°40′—128°，北纬48°59′—49°42′，属寒温带大陆性季风气候，横跨四、五、六三个积温带，年平均气温为-0.6℃，平均日照2551.5小时，平均降雨量400—650毫米，平均降雪期为215天，有效积温在1800℃—2200℃之间，无霜期为80—120天，大+查看详细孙吴县概况>>
2026年1月，被认定为2025年第一批义务教育优质均衡发展县（市、区）。
2024年5月，2024年黑龙江省科学施肥增效项目“三新”集成推进县名单公布，孙吴县榜上有名（玉米）。
2024年5月，孙吴县被确定为黑龙江省2024年全国绿色高产高效行动示范县（全国大豆单产提升整建制推进县）。
2023年8月，孙吴县被确定为2023年黑龙江省国家秸秆综合利用重点县。
2023年7月，孙吴县被确定为第三批城乡交通运输一体化示范创建县。
2023年5月，黑龙江省2023年全国绿色高产高效行动示范县名单发布，孙吴县上榜（全国大豆单产提升整建制推进县）。
2022年12月，孙吴县被认定为2021-2025年度第二批全国科普示范县（市、区）。
2022年6月，孙吴县被确定为2022年黑龙江省大豆（玉米）大垄密植技术模式提产增效示范县。
2022年6月，孙吴县被确定为黑龙江省2022年全国绿色高质高效行动示范县（大豆）。
清顺治十年（1653），属宁古塔昂帮章京。
康熙二十二年，（1683）属黑龙江将军治下瑷珲副都统。
1937年12月，设孙吴县，隶属黑河省。
