因驻地肇州县得名。1980年命名肇州镇。
肇州县辖镇。县府驻地。1949年为一区，1956年置肇州镇，1958年改公社，1984年复置镇。位于县境南部。面积12平方公里，人口6万。203国道和绥肇、肇州至大同等公路于此交会。辖41个居委会和五一、五二、五三、五四4个村委会。乡镇企业有商贸、运输、建材、建筑、亚麻、毛纺、啤酒、机床、糖果和饮食服务等行业。镇东南建有烈士陵园。
历史沿革：东北沦陷后，1934年夏松花江泛滥，县城（骆驼脖子）被淹，伪县公署被迫迁至"老城基"，同年12月奉伪滨江省公署令，将"老城基"定为县城，1939年设肇州街。
1945年"九三"抗日战争胜利后，1946年2月设置第一区，后改为县城区。
1958年9月，成立肇州镇人民公社。
