1984年设立孤店子镇。该地名来源于店铺名。
吉林市昌邑区辖镇。1949年为孤店子村，1956年置乡，1958年改九站公社，1984年建孤店子镇。位于区境西北部，面积71平方公里，人口2.8万。长(春)图(们江)铁路经境内并设站，长(春)吉(林)北线公路过境。辖永丰、巴虎、红卫、四台子、大荒地、红光、曹家、孤店子、孤家子、张家店10个村委会和孤店子、工人村、粮库、松滨4个居委会。乡镇企业有机砖、造纸、化工等厂。农业主产稻谷、玉米。有中学3所。
神农庄园温泉休闲度假村神农庄园温泉休闲度假村吉林市神农庄园温泉休闲度假村是一家集住宿、餐饮、娱乐、会议服务、温泉沐浴、民俗展示、农业采摘于一体的综合性度假村。园区目前总投资2.92亿元总占地面积500万平方米，其历史沿革：清嘉庆二十五年（1820）建屯（孤店子）。
1933年开始一直为村、镇、乡、公社的所在地。
