清朝嘉庆元年(1836年)，山西省清源(今清徐县)杨姓等12户农民相继来此开荒种地，因村中古庙前有一较高旗杆而得名。
旗下营镇位于卓资山镇西36公里处，西与呼和浩特市郊区接壤，人口1.6万。清朝嘉庆元年（1836年），山西省清源（今清徐县）杨姓等12户农民相继来此开荒种地，因村中古庙前有一较高旗杆而得名。由原旗下营镇和原复兴乡合并组建旗下营镇。旗政府设在原旗下营镇政府所在地，新设立的旗下营镇辖区面积597.87平方公里，户籍人口35588人，其中非农人口7840人，全镇辖16个村委会，2个居委会，124个村民小组。镇政府驻地人口21165人，其中非农人口7476人。全镇辖居委会2个：东街、西街。村委会16个：伏虎、一间房、青山、油房营、碌碡坪、五道洼、四道沟、蓿麻湾、上高台、圪塔、拐角铺、+查看详细旗下营镇概况>>
2014年7月，旗下营镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。
庙坡底遗址庙坡底遗址位于内蒙古自治区乌兰察布市卓资县旗下营镇庙坡底村北1公里处的山间梯田上，东南距卓资县城约35公里，西南距呼和浩特市约30公里 ，2023年12月27日被列入第六批内蒙古自治区文物保历史沿革：清嘉庆元年（1796年），此地为四子王旗牧地。
1949年11月，设武东县，为武东县委驻地。
1958年7月，撤销武东县，划归卓资县。
2001年8月和2006年4月，原碌碡坪乡和原复兴乡先后整合为旗下营镇。
