因镇政府驻新店子村而得名。明朝，此地属玉林卫城近郊，是驻军的屯区，无村名。清康熙年间（1662年—1722年），在此增设驿站。此地又是晋绥两省区的商贸通道，道路两侧新设店铺、旅店为过路官吏、士卒和客商服务，时人称“新店子”，村名由此而来。
新店子镇位于和林县城东南34公里处，地处两省三县交界地带，南隔明长城与右玉县为邻，距杀虎口20公里，东部与乌兰察布市凉城县相接，西南部、西部、北部分别与本县羊群沟乡、大红城乡、黑老天乡接壤。地势系南北高、中间低走向，全镇总辖地面积517.76平方公里，耕地面积11.2万亩，其中:水浇地面积3万亩。林地、宜林地面积44.05万亩。辖16个行政村89个自然村，户籍6789户16122人，常住户2048户3796人。新店子镇是一个革命老区，也是一个以农牧业经营为主的乡镇。农作物主要以种植玉米、马铃薯、油料、豆类等杂粮为主，畜牧业主要以养殖奶牛、肉羊。生猪、禽类为主。全镇交通便利，大准铁路及其+查看详细新店子镇概况>>
塞外桃园生态旅游区塞外桃园生态旅游区位于呼和浩特市和林格尔县新店子镇，“塞外桃园”综合体项目占地2300多亩，是集种植、养殖、采摘、体验、休闲、观光为一体的绿色有机农业综合项目。总项目分为三期，一期已于201历史沿革：1950年初，属和林格尔县四区。
1984年，公社改乡，新店子乡恢复原名。
2001年，撤并乡镇，新丰乡重新并入新店子乡。
2005年12月，新店子乡撤乡并镇，黑老密、新店子2乡合并为新店子镇。
