原名禾种，后谐音演变为今名。因在三里河以南，与北河种对应得名。
南河种镇位于山西省应县东南部，地处塞外高原，介于东经１１２°５８’—１１３°２８’，北纬３９°２０’—３９°４２’之间，国土面积１５２平方公里，在册耕地面积１１．４万亩。全镇辖２５个行政村，３．７５万口人，人口密集。全镇土壤资源丰富，类型繁多，共分山地草原甸土、山地草原土、淡褐土、栗钙土、盐土５个土类、７个亚类、１４个土属、３２个土种。全镇土壤有机物为０．８０４％，全氮为０．０５５％，碱解氮为６９．８ｐｐｍ，速效磷为６．８ｐｐｍ，速效钾为１４１ｐｐｍ，是一年一作典型的北方农业区。主要产业有蔬菜、畜牧、陶瓷工业及旅游等。特别是蔬菜产业，居立镇地位，以全国２０１家定点专业市场之一的南河种蔬菜+查看详细南河种镇概况>>
2023年8月，农业农村部、财政部发布首批国家农业产业强镇名单，南河种镇（青椒）榜上有名。
2020年5月，南河种镇被确定为2020年农业产业强镇建设名单。
2015年2月，中央文明委决定授予南河种镇第四届全国文明村镇称号。
2014年7月，南河种镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。
永镇寺永镇寺位于应县南河种镇小石口村东北约300米处，距县城12公里，寺内建筑结构严谨，造型优美。现存正殿三间，东西配殿六间，山门六间，进深四间，东西跨耳新建钟鼓楼，构式仿古。全寺依山而建，雄伟壮文殊寺文殊寺位于应县南河种镇小石村后堡，年代为清代。二○一一年三月二十一日，文殊寺被公布为朔州市第一批市级文物保护单位。大安寺遗址大安寺遗址位于位于应县南河种镇东崔庄村南，年代为元代至民国。二○一一年三月二十一日，大安寺遗址被公布为朔州市第一批市级文物保护单位。历史沿革：1949年属应县三区；1958年设南河种乡；1959年设南河种公社；1985年改设南河种镇；2001年1月撤并乡镇时，与北曹山乡合并，设立新南河种镇至今。
